Descrizione
La chiesa sorge sull'area di una leggera depressione naturale nella pianura del Campo Marzio, considerata dai Romani uno degli ingressi degli Inferi e luogo di culto delle divinità infernali, con il nome di Tarentum.
Dal XIII secolo è qui ricordata una chiesa dedicata alla Natività della Madonna, legata alla parrocchia di San Lorenzo in Damaso. Nel XV e XVI secolo la chiesa era conosciuta con il nome di "Santa Maria in Puteo albo", a causa di un antica vera di pozzo ("puteale") in marmo bianco. La chiesa era a tre navate separate tre colonne per lato.
Nel 1551 san Filippo Neri fondò la "Congregazione dell'Oratorio", che venne quindi riconosciuta da papa Gregorio XIII nel 1575. Nella stessa bolla si affidava alla congregazione la vecchia chiesa, che tuttavia non era più in buono stato. Venne dunque affidato all'architetto Matteo di Città di Castello l'incarico di costruire una "chiesa nuova". La prima messa nel nuovo edificio, con navata unica e quattro cappelle per lato, ancora coperto da un tetto in legno, fu celebrata nel 1577. La chiesa e le sue cappelle furono decorate con stucchi e marmi policromi, su disegno di Domenico Fontana e Giovanni Antonio Dosio.
Nel 1586 i lavori passarono a Martino Longhi il vecchio, architetto di fiducia del maggiore finanziatore dei lavori, il cardinale Pier Donato Cesi. Dopo la morte del cardinale i lavori continuarono e l'abside a pianta semicircolare, il transetto e la cupola che ne sormontava l'incrocio, furono inaugurati nel 1591.
Tra il 1594 e il 1617, secondo un progetto di Giacomo Della Porta del 1585 e a cura di Giovan Battista Guerra come soprintendente ai lavori, l'originaria pianta ad unica navata fu modificata per mezzo dello sfondamento delle cappelle laterali, che vennero arretrate in modo da lasciare spazio per due strette navate laterali. Si aggiunsero inoltre altre due cappelle, una per lato.
Contemporaneamente Angelo Cesi, vescovo di Todi e fratello del cardinale, finanziava i lavori della facciata, che iniziarono sempre nel 1594 su progetto di Fausto Rughesi e si conclusero, dopo un'interruzione tra il 1598 e il 1603, nel 1605, mentre la scalinata antistante fu completata nel 1614. Il timpano che corona la facciata per l'intera larghezza si deve forse ad un intervento di Carlo Maderno.
Il campanile fu aggiunto nel 1666 ad opera di Camillo Arcucci.
